Kostel nechal vystavět v letech 1737-1745 majitel chlumeckého panství hrabě Jan František z Fünfkirchenu jako projev díků Panně Marii za záchranu jeho života. Scéna nešťastné události dne 31. července 1737, kdy byl hrabě spolu se zedníkem zavalen zřícenou klenbou střelnice, kterou nechal postavit poblíž panského velkostatku, je znázorněna v kupoli kostela. Vidíme zde též tehdejší krajinu s rybníkem Hejtman, kostel ve tvaru barokní centrály s pěti věžemi, které symbolizují jméno Fünfkirchen. Autora návrhu stavby ani stavitele neznáme. Hrabě hned v r. 1737 vykonal děkovnou pouť do známého štýrského poutního místa Maria Zell. Zde jej inspiroval oltář v milostné kapli i soška Madony Mariazellské a tak dle nich nechal zhotovit chlumecký hlavní oltář. Současně buduje pod kostelem i kryptu, v níž je později (1782) se svou manželkou Kateřinou, roz. hraběnkou z  Desfoursu a Athienvillu (+1757) pohřben. Odpočívá zde i následný majitel chlumeckého panství hrabě Eduard Stadion Tannhausen (zemř.1844) a jeho manželka Konstancie (+1861).

Vzhledem k přílivu poutníků kostel časem prostorově nedostačoval, proto jej nechal v r. 1804 syn zakladatelům František Jan hrabě z Fünfkirchenu západním směrem prodloužit.

Nad vchodem na západní straně je umístěn rodový znak hrabat z Fünfkirchenu.

Freska nad oltářem znázorňuje scénu nanebevzetí P. Marie, jíž přihlížejí apoštolové.

Fresky z původní výzdoby kostela, krom té v kupoli, byly neznámo kdy zabíleny a byly odkryty až v r. 1942, při celkové rekonstrukci interiéru. Restaurátorem byl malíř Jiří Jelínek, který působil na jihu Čech v období druhé světové války.

Za pozornost stojí freska ze života sv. Františka z Pauly nad arcivévodskou oratoří, freska vyhnání z ráje nad panskou oratoří, sv. Boží trojice uprostřed chrámu a freska pod kůrem. Ta vznikla v r. 1945 na náklady děkana P. Jana Kubisky (působil ve zdejším kostele jako prvý farář po ustanovení Chlumu jako samostatné farnosti v r. 1901 až do r. 1948, je pohřben na místním hřbitově). Autorem  je opět Jiří Jelínek. Znázorňuje procesí s P. Kubiskou a dalšími autentickými postavami, které se konalo jako poděkování za konec druhé světové války. Autoportrét malíře vidíme v pravém dolním rohu. V centru fresky je P. Maria v modrém plášti, královna míru. Před ní klečí dva čeští patroni sv. Václav a sv. Jan Nepomucký. Holubice s olivovou ratolestí v zobáčku značí konec pohromy.

V levém dolním rohu můžete spatřit německý tank a hořící krajinu- symbolizují zlo války.

Součástí původního kostelíka byly též dvě oratoře se samostatným přístupem, určené šlechtě. Zasklenou naposled využíval mecenáš chrámu, následník trůnu arcivévoda rakouský František Ferdinand d´Este (1863–1914) s rodinou. Chlumecké panství zdědil ve 12 ti letech a významně změnil jeho podobu. Přestavěl zámek do dnešní podoby, vybudoval zámecký park, veřejné osvětlení, kašnu na náměstí, obory. V kostele osadil oratoř arcivévodským znakem, nechal ve Vídni zrestaurovat postranní oltáře, financoval řadu restaurátorských prací.  Z Chlumu odjíždí 23. června 1914 s chotí na manévry do Bosny, děti zde zanechává. Po sarajevském atentátu, který byl následně záminkou k vypuknutí 1. světové války, přichází do Chlumu telegrafická zpráva o jeho smrti a smrti jeho manželky Žofie. V chlumeckém kostele za přítomnosti sirotků – Žofie Maxe a Arnošta, teologa P. Stanovského a tety J. Chotkové se lidé s P. Kubiskou večer 28. 6. 1914 modlí za duše zavražděných. V Chlumu se také za ně slouží vůbec první zádušní mše. Arcivévodská oratoř byla zpřístupněna veřejnosti v r. 2014.

Kostel má čtyři zvony. Za obou světových válek byly rekvírovány. Po prvé světové válce se sem vrátily, po druhé nikoli. Byl ponechán jen umíráček, který časem puknul. Farníci se opakovaně skládali – jak na zvony, tak na nové varhany nebo obnovu fresek. Poslední zvon byl ulit v Brodku u Přerova a zavěšen na hlavní věž v r. 1967. Je věnován P. Marii, královně Čech.

K areálu kostela patří dvouramenné schodiště, barokní sochy světců z mušlového vápence – ze strany náměstí jsou to sv. Florian a sv. František Xaverský, na jižní straně u kostela sv. Dominik a sv. Alois z Gonzagy, kolem schodiště pak sv. František s Pauly, sv. František z Assisi, sv. Ignác z Loyoly, sv. Josef, sv. Antonín Paduánský a z šedé žuly sv. Jan Nepomucký.

Ke kostelu směrem od hráze rybníka vede cesta s 15 ti zastaveními křížové cesty s klekátky (z r. 1755). Autorem dnešních obrázků z r. 2006 je českobudějovický malíř p. Švihla. Celý komplex areálu kostela končí na mostku na hrázi sochami sv. Anny s Marií a sv. J. Nepomuckého.

Velmi těžká léta zažívala farnost v 50. letech, kdy byl místní kněz, P. A. Mikolášek, uvězněn. Od července 1959 pak kněží již nesídlili na zdejší faře, ale v Suchdole n. Lužnicí nebo Českých Velenicích či , a tak je tomu i nyní, v Třeboni.